Το πρόγραμμα Γαλάζια Σημαία τελεί υπό την αιγίδα του Υπουργείου Τουρισμού.
Αρμόδιος Φορέας υλοποίησης του "Προγράμματος Παρακολούθησης Ποιότητας Νερών Ακτών Κολύμβησης": Υπουργείο Περιβάλλοντος & Ενέργειας, Γενική Γραμματεία Φυσικού Περιβάλλοντος & Υδάτων
Η Εθνική Επιτροπή Κρίσεων για το πρόγραμμα Γαλάζια Σημαία αποτελείται από εκπροσώπους των παρακάτω φορέων:
καθώς και από Εθελοντές-Επιθεωρητές ακτών και μαρινών